Studia II stopnia (magisterskie) trwają łącznie trzy semestry. W ramach kierunku na studiach II stopnia student ma możliwość wyboru jednej z trzech specjalności:
- Diagnostyka i rzeczoznawstwo samochodowe,
- Ekoinżynieria środków transportu samochodowego,
- Środki techniczne w logistyce i spedycji.
Wybór specjalności następuje po pierwszym semestrze. Na drugim i trzecim semestrze, realizowana jest praca dyplomowa z zakresu wybranej tematyki.
Absolwenci studiów II-go stopnia posiadają również wiedzę z zakresu powiązanych kierunków studiów tzn. logistyki oraz budowy i eksploatacji maszyn. Znają i rozumieją zasady ochrony własności przemysłowej i prawa autorskiego. Potrafią korzystać z zasobów literatury, baz danych, informacji patentowych oraz innych źródeł, także w języku obcym. Posiadają umiejętności językowe pozwalające na porozumiewanie się w języku obcym w zakresie ogólnym oraz specjalistycznym, tj. transportu. Potrafią przygotować i zaprezentować opracowanie naukowe w języku polskim oraz informację naukową w języku obcym. Mają świadomość społecznej roli absolwenta wyższej uczelni technicznej, rozumieją potrzebę ciągłego zdobywania wiedzy i podnoszenia kwalifikacji zawodowych.